開課班級Class：	授課教師Teacher：	學分數Credits：
碩動疫科技一A	張立鑫	2

課程大綱Course Description：

本課程專為碩士班新生設計，目的是介紹如何應用生物資訊學方法來研究基因調控。我們將從一個核心問題出發：如何利用計算工具與高通量數據，解碼同一套基因組如何指導細胞產生多樣性與應對環境？課程將從基因調控的基礎生物學概念切入，但迅速將重點轉移到相關的計算方法與數據分析策略。學生將學習處理與分析關鍵的基因體學數據，包括 RNA-seq、ATAC-Seq 與 ChIP-Seq。課程強調數據處理流程 (pipeline) 的邏輯、統計模型的應用、數據視覺化的技巧，以及如何從複雜的數據中萃取生物學洞見。本課程不需要學生具備深厚的程式設計背景，但會引導學生使用 R 等工具進行基本的數據分析，目標是為學生建立一個以計算為核心的現代基因調控研究框架。

English Outline：

This course is specifically designed for incoming master's students and serves as an introduction to the application of bioinformatics methods in the study of gene regulation. We will start from a central question: How can we leverage computational tools and high-throughput data to decipher how the same genome directs cells to generate diversity and respond to the environment? The course will begin with the fundamental biological concepts of gene regulation but will quickly shift its focus to relevant computational methods and data analysis strategies. Students will learn to process and analyze key genomics datasets, including RNA-seq, ATAC-seq, and ChIP-seq. Emphasis is placed on the logic of data processing pipelines, the application of statistical models, data visualization techniques, and how to extract biological insights from complex data. While this course does not require a deep programming background, it will guide students in using tools like R for basic data analysis. The objective is to establish a computation-centric framework for students to engage in modern gene regulation research.

本科目教學目標Course Objectives：

本課程結束時，修課學生應具備以下能力： • 解釋 基因調控的生物學問題如何轉化為可分析的數據問題。 • 描述 主流基因體學技術 (RNA-Seq, ATAC-Seq, ChIP-Seq) 的數據特性、格式 (FASTQ, BAM, BED) 與品管 (QC) 的重要性。 • 執行 一個基本的 RNA-Seq 差異表現基因分析流程，並以熱圖 (Heatmap) 和火山圖 (Volcano Plot) 進行視覺化。 • 操作 基因組瀏覽器 (如 UCSC Genome Browser)，整合並解讀不同來源的基因體學數據 (如基因註釋、ChIP-Seq peaks)。 • 闡述 Peak calling 與 Motif analysis 的基本概念，並應用於尋找潛在的轉錄因子結合位點。 • 批判性評估 文獻中基因調控相關的數據分析方法，並理解其前提與限制。

教學型態Teaching Models：	成績考核方式Grading：
課堂教學	平時成績General Performance：60% 期中考Midterm Exam：20% 期末考Final exam：20% 其它 Other：

參考書目Textbooks/References：

SDGs指標：

UCAN職業項目：

課程更新狀態：

課程匯入時間Import Time：2025-07-04 09:05:39

最後更新時間Last Modified：2025-09-04 20:25:59，更新人modified by：張立鑫