利用植物功能基因體學課程中所學習到的原理、技術與方法，實際應用於目標植物基因體的研究上；實驗課程內容包括基因庫的構築、功能基因的篩選、生物資訊探勘及基因表現分析等，用以探討參與植物特定生長發育時期的過程中所有相關基因群的表現、調控及其功能。使用的實驗方法包括 RNA 的製備、cDNA 基因庫的構築、蛋白質水解酵素基因的篩選、基因表現差異的分析與基因鑑定等。