本課係為已修畢有機化學(一)並進一步需要完整有機化學知識的學生而開設。其主要內容為質譜、紅外線、核磁共振以及紫外線光譜的基本理論、實務與應用；主要有機化合物之化學試驗及衍生物製備；綜合應用光譜分析與化學方法確認有機化合物之類別與構造；並介紹醣類、脂質、蛋白質以及核酸的基本構造及化學性質。