生態工程（ecological engineering）係整合人類社會與其自然環境，基於兩者之利益，而發展的永續生態系統設計。生態工程包含創造和修復對人類和自然都有益的永續生態系統；生態工程亦結合重建、設計和建造水陸生態系統等基礎的和應用的科學。