本課程的目的在於提供學生一些生物處理之理論基礎，以便於學生在學習相關應用課程(如工業廢水處理)或進行論文研究時，能有學理依據並做正確之判斷。課程內容安排包括反應動力學，生物定量化學，喜氣生物處理，厭氧生物處理，生物硝化與脫氮，生物除磷等，情況許可的話課程中並安排現場參訪，增進學生對工程實務問題之了解。