植物功能基因體學的課程主要是應用植物分子生物學及植物生物技術的方法，系統性的探討參與植物生長、發育、適應環境與代謝過程中所有相關基因群的表現、調控及其功能，藉由包括 mRNA、蛋白質及代謝產物量的偵測、突變篩選及生物資訊資料庫的整合等策略，以了解整個植物轉錄體、蛋白質體及代謝體等隨著基因表現活性而產生的變化，並可對各種植物基因體的序列進行比較及分析，對作物在質及量上的品種改良、中草藥代謝產物、林木生理及環境保護的研究亦深具重要性。