本課程講述較深入的水生動物疾病知識尤其著重於發生於臺灣的疾病。內容包括個別疾病之致病因子、致病機序及控制方法。本課程亦介紹最新的水生動物疾病診斷及控制技術，如分子診斷技術、DNA疫苗、新的生物製劑及增進群體健康的新方法等。