18世紀的工業革命之後，環境汙染便是各國在經濟發展的過程不可避免的宿命，對生態系與人體健康產生危害的例子不勝枚舉，遲至1960年代，在「寂靜的春天」一書的推波助瀾下，人們才意識到合成汙染物危害的嚴重性，生態毒理學便是在這種時空背景下誕生的新學門。農業生態毒理學主要探討環境污染物在環境介質，包含大氣、土壤及水體中的流佈與宿命(fate)，以及對生物體的影響，包含毒物主要暴露途徑作用、機轉及其於自分子、細胞、組織、器官、個體、族群乃至生態系層次的影響。